●EXPERT EDITION Volume.1

●エキスパートエディション　ボリューム1

2004年9月23日発売。
　略号は「EE1」。第３期の再販パック。
　「新たなる支配者」「ユニオンの降臨」「黒魔導の覇者」「ガーディアンの力」「闇魔界の脅威」のカードを全て再録。

　パックのパッケージイラストは闇遊戯が務めている。

　BEGINNER'S EDITIONシリーズのように歯抜け収録ではなく、前述のパックが全て再録されているため、収録カード数が膨大になっている。
　このパックには267種類ものカードが収録され、欲しいカードを当てるのが非常に難しい。

• 2005年10月からドラゴンキューブによる販売も開始された。

• CMのナレーションは海馬役の声優（津田健次郎）が担当している。
  

• コナミのゲーム作品において―
  DSソフトWORLD CHAMPIONSHIP 2009、2010では、このパックと同名で収録内容もこのパックに基づいたものが登場するが、パッケージイラストは実物とは違い《超魔導剣士－ブラック・パラディン》、《天界王 シナト》、《エクゾディア・ネクロス》となっている。
  キャッチコピーは「中・上級者向けカードパック 第1弾」。

●EXPERT EDITION Volume.2

●エキスパートエディション　ボリューム2

2005年3月17日発売。
　略号は「EE2」。
　第３期の再販パック。
　「混沌を制す者」「暗黒の侵略者」「天空の聖域」「ファラオの遺産」を再録。
　パッケージイラストを務めているのは《カオス・ソルジャー －開闢の使者－》・《混沌の黒魔術師》・《エンド・オブ・アヌビス》。

　第３期再録シリーズの中では控えめの224種類だが、それでも多いことに変わりはなく、欲しいカードを当てるのは難しい。
　発売の前後に禁止カードへ指定された《カオス・ソルジャー －開闢の使者－》や《混沌帝龍 －終焉の使者－》、当時既に制限カードであった《混沌の黒魔術師》等、強力ながらも使いづらいカードも多く、別の意味でもまさに上級者向けのパックである。

　このパックには優秀なカードが多く収録されている。
　例えば、カオスのうちのひとつの《カオス・ソルジャー －開闢の使者－》や汎用性の高い《地砕き》や《連鎖除外》、儀式召喚をサポートする《マンジュ・ゴッド》、融合召喚をサポートする《沼地の魔神王》などといったカードが収録されている。

• 2005年10月からドラゴンキューブ（KONAMI製のガチャガチャ）による販売も行われていた。
  

• 原作・アニメにおいて―
  アニメGXにて、エドが十代と初めて戦う際に使用したデッキは、このパック（５枚入り）８つ合計40枚で構築したものである。
  ８パックで《大天使ゼラート》関連のカードを全て当てている。
  デッキに入っていたカードは、混沌を制す者と天空の聖域に収録されていたものが中心であった。

• コナミのゲーム作品において―
  WCSシリーズでのキャッチコピーは「中・上級者向けカードパック 第2弾」。

●EXPERT EDITION Volume.3

●エキスパートエディション　ボリューム3

2005年12月8日発売。
　略号は「EE3」。
　第４期の再販パック。
　「SOUL OF THE DUELIST」「RISE OF DESTINY」「FLAMING ETERNITY」「THE LOST MILLENNIUM」を再録。
　パッケージイラストは《創世神》《ネフティスの鳳凰神》《ホルスの黒炎竜 ＬＶ８》。
　いずれも収録元のパックで表紙を飾ったカードだが、「THE LOST MILLENNIUM」のパッケージイラストを務めた《古代の機械巨人》は描かれていない。

• このパックのパッケージイラストを務めた《創世神》や《ネフティスの鳳凰神》、《ホルスの黒炎竜 ＬＶ８》はPHANTOM DARKNESSで全てダーク化している。

• 今までの再販パックはシリーズが変わってから発売されていたが、このパックは第４期中にすぐに発売された。 　
• 他の再録パックのような絶版の復刻は無く、ラインナップはそのまま4×60の240種類である。
  アルティメットレアが無くなった以外はレアリティも一切変わっていない。
  「BEGINNER'S EDITION」・「EXPERT EDITION」の両シリーズを通じて、この様な仕様なのは今の所EE3だけである。

●EXPERT EDITION Volume.4

●エキスパートエディション　ボリューム4

2007年9月22日発売。
　略号は「EE04」。
　「CYBERNETIC REVOLUTION」「ELEMENTAL ENERGY」「SHADOW OF INFINITY」「ENEMY OF JUSTICE」のカードを一部レアリティ変更して再録。
　また、５種類のゲーム付属カードも再録している。
　パッケージイラストは各収録パックの顔を飾った《サイバー・エンド・ドラゴン》・《Ｅ・ＨＥＲＯ シャイニング・フレア・ウィングマン》・《幻魔皇ラビエル》・《Ｅ・ＨＥＲＯ シャイニング・フェニックスガイ》が務めている。

• 限定カードが再録されるのは、EXPERT EDITIONシリーズでは初めての事である。

• 数多くのカードのレアリティが変更されている。
  カードの汎用性や、アニメでの活躍を元にレアリティを変更したのだろう。
  そのため、レアリティが上がった《ミラクル・フュージョン》や《ゴッドバードアタック》等の値段が高騰したり、《ハイドロゲドン》等の複数投入必須なカードが集めにくくなってしまった。
  また、《サイバー・ドラゴン》を始めとしたカイザー亮の使用するカードは、その殆どが高レアリティに設定されている（《サイバー・レーザー・ドラゴン》・《サイバー・バリア・ドラゴン》は格下げされたが）。
  人気カードのレアリティが軒並みに高く変更されているという手法は海外版のパックと同様である。

●BEGINNER'S EDITION 1

●ビギナーズ エディション1

2004年6月24日発売。
　略号は「BE1」。
　１パック12枚入り。

　「DUELIST LEGACY Volume.1」「DUELIST LEGACY Volume.2」「DUELIST LEGACY Volume.3」を歯抜けで再録。
　パックのパッケージイラストは武藤遊戯が務めている。
　250種類もあるため、欲しいカードを入手できるかどうかはまさに運次第である。

　「初級者向け」とあるが、中には上級者にも扱いづらいカードもある。

• 第７期にリニューアルして登場した同名パックについては、BEGINNER'S EDITION 1（第７期）を参照。
  

• 長期間禁止カード指定を抜けられないカードが高レアリティに居座っているため、「コレクター向け」と言っても過言ではない。
  しかし、強力な禁止カードも含め、効果の説明部分が短く簡潔なカードもまた多いのが特徴。
  公式大会や禁止カードに関係無く基本的なルール、デュエルの流れを覚えるという意味では実際に初心者に適しているといえよう。
  

• CMのナレーションは城之内役の声優（高橋広樹）が担当した。
  

• コナミのゲーム作品において―
  DSソフトWORLD CHAMPIONSHIP 2009、2010、2011では、このパックと同名で収録内容もこのパックに基づいたものが登場するが、パッケージイラストは実物とは違い《青眼の白龍》、《真紅眼の黒竜》、《ブラック・マジシャン》となっている。
  キャッチコピーは「初心者向け基本カードパック 第1弾」。

●BEGINNER'S EDITION 2

●ビギナーズ エディション2

2004年12月9日発売。
　略号は「BE2」。
　１パック12枚入り。

　「DUELIST LEGACY Volume.3」「DUELIST LEGACY Volume.4」「DUELIST LEGACY Volume.5」と《イリュージョンの儀式》を歯抜けで再録。
　パッケージイラストを務めているのは、《ブレイドナイト》・《翻弄するエルフの剣士》・《疾風の暗黒騎士ガイア》・《時の魔術師》。

• 第７期にリニューアルして登場した同名パックについては、BEGINNER'S EDITION 2（第７期）を参照。
  

• コナミのゲーム作品において―
  WCSシリーズでのキャッチコピーは「初心者向け基本カードパック 第2弾」。